在南京，只有客流量大的城市主干道才会使用双层大巴，比如1路行驶的太平南路、16路行驶的中华路、100路行驶的中山北路等。但是，这些主干道路边行道树的“年纪”都比较大，有的甚至超过70岁了，双层大巴“个子”太高，对它们也有影响。而且，随着城市建设和道路改造，路面不断被抬高，行道树的分杈也就相对越来越低，碰擦事故经常发生。双层大巴不能靠边行驶，对交通影响较大。因此，交管部门曾提议老城区不再发展双层大巴。
据悉，南京主城的三大公交公司目前共有92辆双层大巴，其中公交总公司66辆服务于16路、100路和33路，中北13辆服务于1路，雅高巴士13辆服务于2路、17路和游1路。雅高巴士负责人告诉记者，明年他们的双层大巴就要到报废期了，更型时将全部换成普通车。中北和公交总公司虽然明年也有需要报废的双层大巴，但届时是否换成普通车目前还没有定论。而且公交16路和100路的双层大巴，不少是前几年才购置的，还有三四年才需要报废，因此短时间内恐怕很难退出。南京市市政公用局相关负责人也表示，暂时没有提前报废、更型双层大巴的打算，主城到新区之间可能还会发展一些双层大巴。

　　有关人士表示，从实际载客量来看，双层公交车几乎是普通公交车的两倍。因此，双层公交车也有一定的优势，而且由于占用道路资源与普通公交车相同，很受公交部门青睐。公交总公司有关负责人就表示，虽然交管部门提出过老城区不再发展双层大巴，但不代表以后就不能更型双层大巴，只要不增加整体数量即可。