但是这个车型却存在重大安全隐患。在日本，列车全部取消了直排，因此车上产生的废物，废水，垃圾，粪便等都由车辆直接收集贮存，到站后再集中处理。而我国目前只有动车组和少量25T型车取消了直排，其它的车型仍然采用传统的直排方式。因此铁路沿线轨道上是非常肮脏的。

    麻烦在于CRH2型动车空调系统的吸风口布置在车下，离轨面非常近，开动空调后，将铁路沿线的垃圾，粪便全部吸入了空调系统。空调里有过滤网，在日本只需要每月清洗一次，而在我们国家，不得不两天清洗一次，四天一更换。否则因为过滤网脏堵导致空调停机。 

    众所周知，动车是全封闭的，那么吸入的污物里所携带的病菌就在整个车厢内循环。如果碰巧有急性传染性病菌的话，那么整列车六百多人一个也跑不了！这个问题被发现后，日本专家声称无解决方案，因为车辆结构已经定死了，除非中国为动车修建专用的铁路线，而即使修建，那也是几年后的事。当初谈判时，领导们考虑这个考虑那个，就是没人考虑中国国情，现在这个问题出来了，上下都一筹莫展，只要乞求上天保佑，千万别出集体卫生事件。 

    由于上述问题,每两天给空调洗过滤网成了最让人恶心的事。工作人员必须穿雨衣,套鞋。戴头套,戴上两层口罩,一打开空调回风网,伴随着刺鼻恶臭的是一股污水,粘粘的,黑黑的,劈头盖脸地倒下来。拿出来的过滤网上能清楚地分辩出黄不拉几的粪便,泡沫饭盒,纸币的残片。为此,动车所的地面检修人员找领导谈过N次,要求增加有害工种的营养费。